Pojawiał się jednak też na probostwach w Lędzinach czy w Suszcu, gdzie miał kolegów księży. W tej drugiej parafii „oficjalnie” przebywał jako robotnik i rzeczywiście zajmował się tam instalacją elektryczną. W Krzyżowicach – dziś to dzielnica Jastrzębia-Zdroju – odprawił pewnego przedpołudnia Mszę Św. w pustym kościele.

Niemcy złapali go w lutym 1944 r., prawdopodobnie przypadkiem. Zatrzymali go pod wsią Zbytków, niedaleko Pawłowic Śląskich, wraz z rybnickim inspektorem AK Władysławem Kuboszkiem.

Po strasznym śledztwie ks. Kania trafił do obozu Auschwitz. Odprawiał tam tajne Msze św. na bloku 11. Używał wina zrobionego z przemyconych do obozu rodzynek. Wtajemniczeni więźniowie zasłaniali go, a on udzielał im Komunii Świętej. Wspominali, że w Wielkanoc 1944 r., choć był strasznie zmaltretowany przez śledztwo, powiedział im kazanie, które dało im dużo nadziei.

W muzeum Auschwitz zachowała się do dziś szklaneczka, której ks. Kania i inni śląscy księża używali jako kielicha w czasie tych tajnych Eucharystii.

On sam wyzwolenia nie dożył. Niemcy wykonali na nim wyrok śmierci 12 czerwca 1944 roku.

Właśnie w rocznicę śmierci na jego domu zostanie odsłonięta poświęcona mu tablica. – Chcemy zachować pamiątki po ludziach, którzy mieszkali w Dębie. Pielęgnowanie tradycji jest tym bardziej ważne, że dzielnica Dąb stała się miejscem, gdzie przybywa i mieszka coraz więcej ludzi niezwiązanych z nią i nieznających jej historii – mówi Marek Wolski, przewodniczący Rady Jednostki Pomocniczej nr 10.

12 czerwca o 11.00 Msza św. w kościele św. Józefa w Katowicach-Józefowcu i o 12.10 odsłonięcie tablicy, upamiętniającej ks. Józefa Kanię, na kamienicy przy ul. Krzyżowej 7.