Uroczystości pogrzebowe rozpoczęły się 10 czerwca rano w kościele sercanów przy ul. Saskiej. Zmarłego konfratra żegnali księża sercanie oraz płaszowscy parafianie. Mszę św. za jego duszę odprawił kard. Franciszek Macharski, zaś kazanie wygłosił bp Józef Wróbel, również sercanin, biskup pomocniczy lubelski, niegdyś biskup Helsinek, profesor KUL.

- Dziś wspominamy o kard. Nagym jako o mistrzu duchowym i intelektualnym. Dziękujemy mu za dar, który nam zostawił w swojej osobie i w swoim dziele - powiedział bp Wróbel.

Odczytano również spisany 8 lutego br. testament zmarłego kardynała.

„Kościół był dla mnie drugim aktem tajemnicy Wcielenia, ukształtowanym przez Chrystusa w Duchu Świętym, nowotestamentalnym Ludem Bożym, rodzącym się z tajemnicy odkupieńczej Śmierci i Zmartwychwstania. Prawda o Kościele stanowiła wielką przygodę mojego życia naukowego.

Wyjątkowym etapem i ogromną przygodą mojego życia było spotkanie z papieżem bł. Janem Pawłem. II. Rozciągało się ono na parędziesiąt lat, począwszy od spotkania na KUL-u, a skończywszy na ostatnich kolędach z końcem stycznia 2005 roku. Tego się ani opowiedzieć, ani opisać nie da. Niech się zamknie w przygodzie realizowania człowieczeństwa, aż do granic świętości. Zawsze czułem, że jestem prochem przy Jego Osobie i ceniłem sobie każdy gest dobroci i ojcowskiej życzliwości. Jeżeli mam o co poprosić moich rodaków i moich współbraci, to o to, aby dojrzeli wielkość i geniusz Jana Pawła II, a księża sercanie w Polsce żyli w przeświadczeniu, że w tym papieżu mieli oddanego Przyjaciela. W związku z papieżem Janem Pawłem II wyjątkowe więzy łączą mnie z księdzem kard. Stanisławem Dziwiszem. Był on tą szeroko otwartą furtką do tajemnicy genialnego papieża. Otwierał ją przede mną często i życzliwie, a więcej jeszcze, żywiłem wielkie przekonanie, że wziął walny udział w mojej kardynalskiej promocji, za co jestem mu gorąco wdzięczny. (...)

Pozostaje jeszcze serdeczna prośba i apel do kochanych współbraci, tych najmłodszych i tych najstarszych. Jednych i drugich przepraszam, że nie byłem takim przykładem, jakiego mogli się ode mnie spodziewać. Zawsze czułem się z nimi związany - jak powtarzałem, byli moimi, a ja byłem ich. Jeżeli mogę, to proszę was, doceniajcie swoje powołanie kapłańskie i zakonne. Jedno i drugie piękne, wielkie i cenne, ale niech nie będą one na marginesie waszego życia, ale niech stanowią jego jądro i główny nerw wszystkiego, co robicie. Najświętsze Serce Jezusa było głównym tematem mojej kapłańskiej działalności i nie żałuję tego. Jeżeli dumny jestem z czegoś w działalności Prowincji Polskiej, to z działalności misyjnej współbraci, których temat NSJ był naczelnym wątkiem ich kaznodziejstwa" - napisał w testamencie kard. Nagy.

Trumnę z ciałem zmarłego przewieziono po południu 10 czerwca do Sanktuarium bł. Jana Pawła II. Następnego dnia o godz. 11 rozpoczęła się Msza św. pogrzebowa w dolnym kościele sanktuaryjnym. Odczytano listy i telegramy kondolencyjne, które napłynęły na ręce kard. Stanisława Dziwisza po śmierci kard. Nagy'ego.

„Z wdzięcznością wspominam jego twórczą współpracę i serdeczną przyjaźń z bł. Janem Pawłem II. Tym wszystkim, którzy opłakują jego odejście, przesyłam słowa pocieszenia” – napisał papież Franciszek. Ks. John van Hengel, wicegenerał sercanów, odczytał list generała zgromadzenia ks. José Ornelasa de Carvalho SCJ. „Jego życie było całkowicie poświęcone Bogu i naszemu zgromadzeniu, które tak bardzo ukochał” – napisał generał. Odczytano również listy od nuncjusza papieskiego, prymasa Polski, prezydium Konferencji Episkopatu Polski, konferencji Wspólnoty Przełożonych Zakonów Męskich w Polsce, społeczności akademickiej KUL, kard. Zenona Grocholewskiego i prezesa PiS Jarosława Kaczyńskiego.

- Żegnamy dziś wiernego syna Kościoła w Polsce, który od 68 lat służył ludowi Bożemu jako kapłan. Pięknym rozdziałem w życiu kard. Stanisława była prawdziwa przyjaźń z bł. Janem Pawłem II. Obydwóch łączyła miłość do Chrystusa i Jego Kościoła. Teraz, jak wierzymy, spotkali się w przestrzeniach odwiecznego królestwa Bożego. Dziękujemy ci za twoje świadectwo, za wierność do końca - powiedział metropolita krakowski.

Mszy św., którą odprawiali m.in. kardynałowie Stanisław Dziwisz, Henryk Gulbinowicz i Franciszek Macharski oraz arcybiskupi Józef Michalik z Przemyśla i Wiktor Skworc z Katowic, przewodniczył kard. Kazimierz Nycz, metropolita warszawski.