W czasie studiów teologicznych powołany do odbycia zasadniczej służby wojskowej, przez dwa lata był w specjalnej jednostce kleryckiej w Brzegu. W 1986 r. rozpoczął studia na Wydziale Nauk Społecznych Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Uzyskał stopień doktora nauk humanistycznych w zakresie filozofii i socjologii. Rozprawę doktorską napisał na temat: "Antropologiczne podstawy nauczania społecznego Jana Pawła II". W 2001 r. został rektorem Wyższego Śląskiego Seminarium Duchownego w Katowicach. Od 2001 roku wykładał socjologię religii na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Śląskiego. W 2003 roku otrzymał godność kapelana Jego Świątobliwości. 21 grudnia 2005 r. ogłoszona została nominacja ks. rektora Józefa Kupnego na biskupa pomocniczego archidiecezji katowickiej. Konsekracja odbyła się w 2006 r.