Decyzję Stolicy Apostolskiej przekazał metropolita katowicki abp Wiktor Skworc.
Po dwumiesięcznym zastępstwie w rodzinnej parafii objął 10 września stanowisko wikarego przy kościele parafialnym św. Józefa w Rudzie Śląskiej. Tam nawiązał łączność z tajną organizacją i rozwinął ożywioną działalność charytatywną wśród rodzin polskich, dotkniętych skutkami okupacji. Po licznych aresztowaniach w grudniu 1940 roku gestapo zwróciło również na niego baczną uwagę. W przemyconym z mysłowickiego obozu liście do swoich rodziców pisał później kleryk Joachim Guertler, że ks. Macha w Zielone Świątki 1941 roku był wezwany do gestapo, ale go puścili, bo jeszcze nie mieli wszystkich dowodów w ręce i aresztowali go na gorącym uczynku, jak miał spotkanie w Katowicach. Nastąpiło to 5 września 1941. Znaleziono przy nim sprawozdanie z czerwcowej akcji charytatywnej z wyszczególnieniem Rudy, Orzegowa, Goduli, Lipin, Nowego Bytomia, Chropaczowa i Łagiewnik.
Po zastosowaniu odpowiedniego przesłuchania umieszczono go w obozie przejściowym w Mysłowicach. 17 lipca 1942 odbyła się przed sądem doraźnym w Katowicach krótka rozprawa, na której ks. Macha i wspomniany już kleryk Guertler skazani zostali na śmierć przez ścięcie. W przededniu śmierci ks. Macha napisał list do swoich rodziców i rodzeństwa, ogłoszony w 8. numerze „Gościa Niedzielnego" z 1951 roku, z którego przytaczamy krótkie wyjątki: ...Jest to moje ostatnie pismo. Po 4 godzinach nastąpi moje stracenie... Pogrzebu mi nie użyczą, ale urządźcie mi na cmentarzu cichy zakątek, żeby od czasu do czasu ktoś o mnie wspomniał i zmówił za mnie Ojcze Nasz. Wyrok wykonano 3 grudnia 1942 roku w więzieniu katowickim. Na cmentarzu w Chorzowie Starym znajduje się symboliczny grób ks. J. Machy.
W 2013 roku rozpoczął się jego proces beatyfikacyjny na szczeblu diecezjalnym w Katowicach. Proces na szczeblu diecezjalnym zakończył się 5 września 2015 i dokumentacja została złożona w Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych. 16 marca 2016 akta sprawy zostały publicznie otwarte i rozpoczął się etap rzymski procesu beatyfikacyjnego.