Arcybiskup Jan Romeo Pawłowski urodził się 23 listopada 1960 r. w Biskupcu na Warmii. W dzieciństwie przeprowadził się z rodziną do Torunia. Tam skończył podstawówkę i liceum ogólnokształcące. W 1979 r. wstąpił do Prymasowskiego Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie. 1 czerwca 1985 r. przyjął święcenia prezbiteratu w bazylice w Gnieźnie z rąk ówczesnego prymasa Polski kard. Józefa Glempa.

Jako wikariusz pracował w parafii św. Marcina i św. Mikołaja w Bydgoszczy (obecnie jest to katedra diecezji bydgoskiej). Pełnił jednocześnie funkcję sekretarza wikariusza biskupiego dla Bydgoszczy bp. Jana Wiktora Nowaka.

W latach 1987–1991 przebywał w Rzymie, gdzie odbył studia na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim, zakończone doktoratem z prawa kanonicznego.